作为全国著名的高中生侦探，他曾经在对一个黑衣人进行侦查时被一伙人抓住，击晕并用神奇药物将他变成小孩！新一找到阿笠大夫，后者为他提供了许多情报。为躲避匪徒的追捕，新一改变身份，秘密展开调查，希望获得解药。一天，新一的女友毛利兰到阿笠医院找寻男友，小兰见到他后惊慌失措，编造自己的名字为江户川柯南，于是柯南便搬到小兰家住了下来。小兰的父亲毛利小五郎是一名私人侦探，四人一起对“夜人”进行了详细侦查。柯南与初中生小美等人结成了少年侦探队，一起与歹徒进行了激烈的战斗！