2044年，纽约，反派兰格勾结外星恶势力企图毁灭地球，大量外星人通过神秘的传送门入侵，城市化为灰烬。虽然忍者神龟们进行了激烈的战斗，但他们仍然被敌人的攻势打败，伤亡惨重。带着忍者最强大的武器hope，乌龟们决定回到过去，找到传送门的钥匙，阻止龙格，恢复世界和平。莱昂纳多的弟子凯西肩负着这个使命，他在过去的时空中与女记者艾普丽尔·奥尼尔成功联合，并与忍者神龟莱昂纳多、米开朗基罗、拉斐尔、多纳泰罗会合，开启了拯救世界的行动。“我们的未来取决于我们，”海龟们向龙格发起了终极挑战。