该剧讲述的是在琅琊阁学艺的萧平旌为调查其兄长林军副帅萧平章的案件而被卷入大梁安危之中的故事。大梁政局虽然稳定，但边境战火不断。守卫大梁北境的长林军屡获军功，威名赫赫。在一次北境交战中，内阁首辅荀白水暗中破坏前线补给，造成长林军副帅萧平章（黄晓明饰）受重伤。在琅琊阁学艺的弟弟萧平旌（刘昊然饰）得知此事后，决定赶往前线调查此案。三十年前，邻国夜秦爆发疫情，大梁为自保封国，濮阳缨（郭京飞饰）因灭国之仇潜伏在大梁，并与琅琊榜第一高手、东海国主墨淄侯勾结，暗中瓦解梁帝势力与长林府，二人于京城四处投毒，疫情迅速蔓延。濮阳缨设局使萧平旌与萧平章先后中毒。此时北境急危，萧平章放弃救治，奔赴前线支援后毒发身亡。一年后，梁帝驾崩，大渝进犯大梁，荀白水和莱阳王萧元启（吴昊宸饰）诱哄年幼的梁帝颁旨，禁止边境兴兵。萧平旌抗旨出兵击溃大渝，此举导致长林编制被废除。萧元启与墨淄侯暗中勾结，卖国谋逆。萧平旌在危急关头...