几千年前，全人类在神秘的事件中瞬间变成了石头。超级聪明、天才科学家的少年千空在石头世界中苏醒过来。他集结了新的小伙伴，一起创建了一个名为“科学王国”的国家，旨在用科学的力量使整个世界复原。但是，由最强的高中生狮子王司领导的“武装帝国”与他们为敌。这个帝国的目的是净化人类，试图使用强大的力量阻止科学的发展。在科学与武力的战斗中，千空和他的小伙伴最终占据了优势，两个国家最终达成了和解。然而，为了拯救全人类而陷入冷静休眠状态的司，为了复活全人类，抛弃了自己的同伴，将石化光线的发生源——即地球的背面‘新世界’——作为目标！为了解开石化之谜，石头世界迎来了大航海时代！