故事的主人公小智生活在关都地区真新镇，并从自大木博士那里获得了皮卡丘、宝可梦球和宝可梦图鉴，旅程中不断成长成为宝可梦大师。他经历了深灰道馆、枯叶道馆等激烈的道馆赛事，在旅途中与许多宝可梦相遇。小智离开真新镇前往橘子群岛，这里是橘子联盟的所在地，呈现了全新的宝可梦战斗场面，新同伴小建加入了他的旅途，宝可梦的进化也让人惊奇不已。小智还与三位官员进行三打对战，与四位天王进行激烈的比拼，面对小茂率领的劲敌也十分激烈。随着故事的发展，橘子群岛篇中呈现了更多的精彩场景和宝可梦，宝可梦的世界也变得更加丰富多彩。