距离暗杀杀老师（二宫和也 配音）的最后期限越来越近，一直潜伏在三年E班的秘密武器也终于出动。茅野枫（山本舞香 饰）背负着莫大的仇恨，终于露出了隐藏已久的触角，向杀老师发起了绝命袭击。这个事件恰恰让杀老师讲述了他和曾经的代课老师雪村亚久里（桐谷美玲 饰）之间那段永生难忘的渊源。 围绕着暗杀行动是否进行的问题，潮田渚（山田凉介 饰）和赤羽业（菅田将晖 饰）等人分成了两派。他们一方面希望阻止地球免于毁灭，另一方面又试图拯救杀老师的生命。与此同时，一直保持沉默的各国政府也开始准备最后的行动，而作为一切混乱的源头，白先生（成宫宽贵 饰）也将成为决定杀老师命运的关键人物。 杀老师和三年E班的学生们即将面临告别的时候，他们的心情充满了不舍和期待。未来的路途充满了未知，但他们依然坚定地选择了继续前行。