故事发生在战国时代，出生于三流贫穷忍者之家的少年乱太郎（加藤清史郎饰），肩负着父母的期望进入了一流忍者学校——忍术学园——学习。该学园最早由天才忍者大川平次涡正（平干二朗饰）创立，如今他虽年事已高，却仍然武功高超，而且搞怪不断。他更带领忍者学园与死对头稗田八方斋（松方弘树饰）展开了连番激斗。忍术学园的学生们被称为“忍者之蛋”（简称“忍蛋”），乱太郎被编入一年叶组（一年は组），在此他结识了富商之子新