剧情以“鬼船入港”为主线，狄仁杰一心一意要追查幕后的真相，结果被上级坚决抵制，最后干脆草率地结束。为防止狄仁杰卷入这起案子，上级派出狄仁杰前往调查儿童被盗事件，狄仁杰在查找案情线索时遇到了老朋友段彦。在狄仁杰的调查中，他终于找到了关于那艘鬼舟的线索，通过查阅典籍，询问百姓，终于找到了凶手的行踪。这件事和怀王脱不了干系。上级得知狄仁杰依然在追查此事，勃然大怒，拒绝了狄仁杰的追查，并且将狄仁杰就地正名