电影《超能水怪》的故事主线是女主角寻找失踪父亲的谜团，探寻过程中揭开高维空间里的变异生物在地球上的危害，男女主人公为了保护家园与境外邪恶势力、水怪展开斗智斗勇的过程，引起观众对如何保护环境、合理科研等问题的深刻反思和思考。