柯南和少年侦探团在八丈岛赏鲸时接到电话，得知欧洲刑警组织成员在德国遭暗杀。柯南决定潜入警备艇，调查真相。然而，设施内发生绑架案件，一名女性工程师被黑衣组织绑架，U盘也被夺走。柯南和团队必须解开谜团，找到真相，并解决与欧洲刑警组织的联网问题。同时，他们还要应对黑衣组织的威胁。