超人们得知宇宙开发集团企图利用棋兽能量制造无数“复制超人”，意图搅乱宇宙秩序。他们义无反顾地再度集结，冲破反派精心布置的障碍，逐步揭开谜团。在此过程中，大大怪和小小怪意外发现小小福竟是复制超人的幕后黑手。为了阻止自己的父亲给宇宙带来灾难，小小怪选择与超人们联手，最终摧毁了这一邪恶计划。