康熙十九年，“三藩”之战，经过七年的时间，终于获得了圆满的成功，康熙在养心殿设宴，热闹非凡，施琅站了起来，上奏皇上，称天下还未完全，欢庆还为时过早，提议大军全部东进，台湾问题由大军压境。施琅的上书受到了强烈的抗议。康熙二十年，冯锡范与唐妃串通，在台湾北园的宅院内，挑起内讧，以年幼的郑克塽为人质，把持台湾的实权，并屡次拒绝与清政府谈判，企图“自立乾坤”。董太妃老态龙钟，顶住台湾动荡的局势，厉声宣告：“开疆拓土，开疆拓土，吾将不为！谁敢说要开宗立派，格杀勿论！”朱霖和阿鳗从台湾来到京城，串小巷溜到施琅家中，急忙将一张书函递给施世伦，然后就没影了。九门提督连夜擒拿。第二天，京城午门的木牌公告：“由刑部审查，明天处决台湾间谍朱霖和阿鳗。”施琅被这个消息吓了一跳，于是他以一名内务使的身份闯入了绞刑台。台湾间谍事件和施琅潜入刑场的案子，都引起了康熙的注意，康熙下了一道圣旨：施琅在刑部受审，宣谕贝勒奈尔，康亲王杰书。9月5日，施琅被带到了大殿，他大吼一声：“这件事，一定是有人做的，但不是施琅，是贝勒奈溚，”他从口袋中掏出一张纸条，喊叫起来，这是贝勒奈溚两年多以前写信给台湾的冯锡凡，在那封信中，贝勒奈溚让台湾独立，康熙陛下的出现，让整个刑部大厅的人都吓了一跳。康熙大发雷霆：“胆大妄为，江山国家，当以台湾之君为代表。”施琅和奈溚之间的恩怨，已经根深蒂固。内务大臣施琅，在讨伐河西、以武力迫使台之策上，赢得了李光地等大臣的拥护，康熙大加赞赏，任命施琅为福建海军都统。施琅向侍卫吴奇爵报告原因，康熙答应了。施琅到达福建就任，引发台湾冯锡范的主心腹洪旭等人惶惶不可终日，秘密商讨对策，数日之后，刘国轩赴澎湖，欲以一场决战。康熙二十一年3月，施琅在筹划进军澎台时，与福建姚启圣发生了彻底的冲突。8月，康熙在“御门听政”的早期朝廷里，将“进军澎台”的特许权授予施琅。在行军前，施琅派出了十多个年幼的儿子，向他们派出了自己的战舰，以表自己的战意。康熙二十二年6月，施琅率领三百余条大舰，率领三十万余名官兵，由铜山港，乘着南风，向澎湖进发。澎湖之战，历时五个小时，以清兵大获全胜而告终。澎湖沦陷，海军溃败，台湾失了关隘，延平王召见百官，商量台湾方向，百官对“血战到底”、洪旭“弃岛计划”进行了批判，赞同刘国轩主张和平而保，若再次开战，则灭亡，郑克塽年轻的延平王当机立断，让刘国轩代为谈判。8月13日，施琅率领他的精英部队，登上了鹿耳门关，到达了龙亭城。8月15日，在孔子庙前的大草坪上，施琅宣读了康熙关于台湾归降的旨意，宣布台湾归降。8月22日，施琅到郑成功庙前，点了一炷香，热泪盈眶。康熙二十二年十一月，由于台湾政权交接完毕，施琅率领舰队安全返回厦门。郑克塽被封为官衔，他的亲戚也被封为三品、四品官衔，刘国轩被封为天津统领。康熙二十三年四月，皇上颁布法令，在台湾设立一省三郡，并命令屯兵镇台湾。施琅仍在福建海军指挥使之职。施琅于康熙三十五年2月去世，终年七十六。