剧情以“鬼船入港”为主线，狄仁杰一心一意要追查幕后的真相，结果被上级坚决抵制，最后干脆草率地结束。为防止狄仁杰卷入这起案子，上级派出狄仁杰前往调查儿童被盗事件，狄仁杰在查找案情线索时遇到了老朋友段彦。在狄仁杰的调查中，他终于找到了关于那艘鬼舟的线索，通过查阅典籍，询问百姓，终于找到了凶手的行踪。这件事和怀王脱不了干系。上级得知狄仁杰依然在追查此事，勃然大怒，拒绝了狄仁杰的追查，并且将狄仁杰就地正名。但幸亏他的老朋友段言，却是寸步不离，两人一起去长安，却发现了一桩惊天动地的大案子！由郭玉龙执导，朱梓骁领衔主演的悬疑探案电影。“鬼船”入港，上司为明哲保身而欲以“水匪之乱”草草结案，狄仁杰却隐隐觉得事情蹊跷。大典在即，长安城人心惶惶，皇后命大理寺座沈铭三日之内结案，沈铭只好将破案压力给到狄仁杰。督水监长官冷霁月也加入其中，在案发“鬼船”上又遇见旧识段言。此三人前往长安情报中心“下城”，获得情报。一路探究，连翻长安地下两大势力终于找到秘密所藏之处——云窟。狄仁杰等人进去古陵云窟，连破机关陷阱，陷入绝境之中，狄仁杰依靠土层辨识找到出路，终于突破阳墓找到怀王与大月之遗族饲养龙鳌的阴墓。真相渐渐浮出水面，大典在即，各股黑暗势力伺机而动，而狄仁杰早已明察秋毫布下天罗地网…